No estoy seguro de que mucho hubiera cambiado de inmediato; la comunidad se habría roto con Sam y Frodo saliendo para Mordor; Aragorn probablemente habría respetado la elección de Frodo de partir, y el heroico Last Stand de Boromir habría sido un excelente reingreso a la confianza de la Comunidad. Probablemente habrían ido a Gondor, ya que ir a Mordor no les serviría para nada y eran bastante inteligentes sobre estas cosas y habrían llegado a la idea de que deberían apartar la mirada de Sauron del Portador del Anillo.
El primer problema sería si fueron o no a Rohan. Si decidían ir a Gondor, continuarían siguiendo el río: Rohan está de regreso al oeste, y la razón por la que tomaron ese camino fue ir tras los Orcos que habían capturado a Merry y Pippin. Si no hubieran ido a Rohan y hubieran ido directamente a Gondor, todos los eventos de Two Towers serían invalidados, Saruman probablemente habría tomado el control de Rohan de alguna forma (o lo habría desperdiciado) y se habría establecido como un potencial contendiente por el propio Sauron, dejando a Gondor expuesto al Norte.
Además, esto significa que Aragorn nunca habría atravesado los Senderos de los Muertos y se habría alejado de los Corsairs, que habrían logrado capturar a Pelargir y continuar hacia el norte hasta el Asedio de Minas Tirith. (Si no ha leído el libro, la versión de la película muestra a los muertos barriendo los campos de Pelennor, pero nunca se subieron a los botes; se alejaron de los corsarios en Pelargir y su pacto se cumplió).
Eso significa un poderoso Saruman en el norte, Corsairs desde el sur; ni siquiera sabemos si Gandalf hubiera elegido regresar a Gondor. Los Istari servían individualmente a los Valar, y Gandalf era la criatura de Manwe y estaba sujeto a su voluntad. Si se modificaran los eventos, entonces es posible que Manwe no envíe a Gandalf de vuelta (aunque admito que es poco probable), lo que cambia todo tipo de cosas.
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Otro problema sería el Señor Nazgul: Eowyn nunca habría llegado a la Batalla de los Campos de Pelennor para derrotarlo. Tendría que romper todo tipo de mierda.
Creo que el verdadero cambio de juego no es tanto si Boromir vivió, sino que Merry y Pippin no fueron capturados. Sus caminos podrían haber sido dramáticamente diferentes.