Suponiendo que quisieras decir IIT-G, porque de lo contrario la pregunta no tiene mucho sentido.
En realidad no, ambas son opciones bastante buenas, yo mismo elegí Pilani CS sobre Guwahati MNC, además muchos de mis compañeros de lote tenían rangos JEE similares / mejores (en el rango 600-1200) y parecían contentos con su decisión.
Si realmente está interesado en CS, Pilani CS podría ser mejor para usted.
Tendrás una mayor variedad de cursos para elegir, algunos con programación pesada, otros más en el lado teórico. Además, cumplir con los requisitos de graduación no es tan pesado, por lo que también tendrás mucho tiempo para explorar muchas otras cosas.
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MnC es matemático pesado, incluidos algunos componentes de finanzas y la mayoría de los cursos importantes de CS. Pero tenga en cuenta que es una rama diferente, que se inclina más hacia las matemáticas que CS, no piense que es un sustituto de CS.
Puede terminar en los mismos lugares a través de los dos cursos, al final se reduce al sabor que prefiera.