Inicié una copia de seguridad de mi Mac con Time Machine, más tarde descubrí la capacidad de excluir directorios, aunque un poco más tarde después de que se capturaron mis grandes archivos multimedia descargados de ~ 180 gb. ¿Los eliminará de la copia de seguridad después de excluir el directorio?

Mi experiencia (anterior a Lion) ha sido que el almacenamiento de directorios excluidos persistirá (en copias de seguridad anteriores) hasta que el volumen de Time Machine esté lleno. En ese punto, si se necesita más espacio, se eliminarán las copias de seguridad más antiguas; finalmente, se eliminará la última copia de seguridad que contiene los directorios excluidos y desaparecerán del volumen de Time Machine.
Esencialmente, esto me parece un comportamiento correcto y sensato.

Mucho más problemático es la situación con los discos duros. Los discos duros respaldados que no están presentes (por ejemplo, ya no le importa el disco duro y lo ha limpiado o movido a otra máquina) tienen un enlace que hace referencia a ellos guardados en el nivel superior de CADA copia de seguridad nueva, incluso cuando ese disco duro no es presente. Eso significa que los enlaces al almacenamiento ocupado por la última copia de seguridad de esa unidad NUNCA caducan. Time Machine protege su almacenamiento con permisos bastante agresivos y ACL, así que buena suerte eliminando ese almacenamiento usted mismo.

No conozco ninguna forma de lidiar con la segunda situación más allá de rendirme, borrar el volumen de Time Machine y comenzar de nuevo.

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