Enseñarse a sí mismo la dinámica molecular no es especialmente difícil, y aunque requerirá una curva de aprendizaje bastante empinada (desde la línea de comandos y la programación simple hasta los principios del modelado molecular y la mecánica estadística) es razonablemente sencillo llegar a un nivel funcional de habilidad.
Este es particularmente el caso con el uso de Gromacs, que tiene una gama de excelentes tutoriales (Justin Lemkul es probablemente el más utilizado: Tutoriales GROMACS) y una comunidad viva y activa que está dispuesta a responder cualquier pregunta que pueda tener, sin importar cuán general o específico (Lista de usuarios de GMX – Gromacs). Además, tiene un manual sorprendentemente legible (manual de gromacs – Búsqueda de Google)
Con Gromacs, desde un modelo experimental es bastante trivial ejecutar una simulación de MD de producción, dependiendo, por supuesto, de lo complicado que sea el modelo. Los lípidos, por ejemplo, agregan otra capa de dificultad solo a la proteína sola, sin embargo, no es imposible (KALP-15 en DPPC). Probablemente necesitará acceso a recursos computacionales, pero una estación de trabajo de alta especificación con una o dos tarjetas GPU le brindará un rendimiento de nivel HPC (Gromacs está optimizado para GPU para un gran efecto: aceleración de GPU)
Sin embargo, ejecutar una simulación es solo alrededor del 5% del problema. La verdadera habilidad y experiencia es realizar los análisis apropiados en su sistema para obtener la información que desea, y luego aplicar diferentes condiciones y técnicas de simulación para analizar su sistema de una manera más útil (solo ver su meneo y meneo de proteínas es divertido, pero de uso limitado). Una vez más, hay varios tutoriales que cubren esto, y para preguntas más generales, Quora está realmente bien, por ejemplo: ¿Qué análisis muestra normalmente en un documento de dinámica molecular (biológica)?
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Nota: en realidad, nunca lo he usado para este propósito, pero VMD parece ser una herramienta cada vez más común para configurar simulaciones y puede controlarse mediante una GUI (VMD – Visual Molecular Dynamics).
Gracias por el A2A, si tiene más preguntas sobre Gromacs, siéntase libre de preguntar (he recibido 3 o 4 estudiantes de doctorado en las etapas iniciales de aprendizaje de Gromacs en los últimos años).
Editar: también señalaría que podría tener dificultades sin tener a alguien con quien hablar que sea experto en MD. Fui en gran medida autodidacta, pero tenía personas a las que podía acudir si realmente estaba atascado. Intente y haga un contacto profesional con alguien, tal vez un investigador en un departamento diferente (¡alguien que también es paciente!)