Con cada nueva versión de MATLAB, agregan una nueva funcionalidad, corrigen errores y (con suerte raramente) desprecian la funcionalidad anterior. Publican Notas de la versión para cada versión que describe lo que cambió con respecto a la anterior. En su caso, debe mirar tanto R2013b como R2014a:
https://www.mathworks.com/help/m…
https://www.mathworks.com/help/m…
Si la funcionalidad utilizada por su herramienta no ha cambiado, no debería haber modificaciones necesarias. Si algo tiene, alguien necesita ir a los scripts y corregirlos para que funcionen correctamente con la nueva versión. Honestamente, el primer paso que la mayoría de las personas tomaría es intentar ejecutarlo sin cambios y buscar errores, bloqueos, advertencias y errores. Ejecute las mismas operaciones en la versión anterior (presumiblemente conocida) y la nueva versión, y verifique que se alcancen los mismos resultados.