¿Cuáles son las habilidades básicas de programación requeridas para la bioinformática?

La bioinformática es un campo de estudio difícil pero también lindo. Para que uno tenga mucho éxito en este campo, necesita tener un conocimiento profundo de la estructura biológica de ARN, ADN, cadenas de aminoácidos, etc., así como una sólida comprensión de algunos algoritmos particulares. Creo que en realidad estás preguntando por ellos. Así que déjame enumerar algunos de ellos para ti:

  • Búsqueda de motivos: debe aprender a encontrar motivos específicos en una cadena.
  • Coincidencia exacta de cadenas: debe comprender los algoritmos eficientes de coincidencia de cadenas. Algunos de los más comunes son:
    1. KMP
    2. Rabin-Karp
    3. Boyer-Moore
  • Coincidencia de patrones: también tiene conocimiento de algunas estructuras de datos como:
    1. Árboles de palabras clave
    2. Árboles sufijos
    3. Matrices de sufijos
  • Además del algoritmo Aho-Corasick, la transformación de Burrows Wheeler, el índice de Ferragina-Manzini, etc.
  • Algoritmos de alineación de secuencia
  • Programación dinámica (muy profunda)
  • Agrupamiento

Sin embargo, para comenzar a aprender Bioinformática solo necesita conocer un lenguaje de programación y conocimientos sobre estructuras de datos básicas, algoritmos de clasificación y algoritmos de búsqueda. Con el tiempo, mientras aprende algoritmos de bioinformática, aprenderá todas las cosas mencionadas e incluso más (recordé mucho).