El universo tendría propiedades termodinámicas completamente diferentes, que esencialmente recrearían la realidad tal como la conocemos.
No habría conservación de la energía como la definimos actualmente, destruyendo la Primera Ley de la Termodinámica. Puede usar el cálculo que F = ma si y solo si se conserva la energía. Sin F = ma, no hay garantía de que la energía permanezca conservada.
Eso, a su vez, destruye la Segunda Ley: la entropía siempre aumenta. Sabemos que podemos poner orden en un sistema si simplemente ingresamos energía. En nuestro universo, esta energía tiene que venir del exterior ya que la energía se conserva dentro del sistema. Sin embargo, en nuestro universo F = ma ^ 2, un sistema podría ganar energía de forma espontánea y usarla para aumentar el orden, dejando la misma cantidad de energía que antes. Eso significa que podríamos tener un universo que tiende hacia un orden perfecto en lugar de un caos perfecto como el nuestro.
La Segunda Ley es la piedra angular de toda física, la fuerza suprema de la naturaleza sobre todas las demás. Al alterar eso, joven Zanza, te has metido en serio con la estructura del universo. Podríamos ser capaces de definir la energía de una manera diferente a como lo hacemos ahora para preservar la ley de la termodinámica, pero el universo aún se vería radicalmente diferente.
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EDITAR:
Además, tener F = ma ^ 2 sería matemáticamente inconsistente. a ^ 2 es un producto escalar, entonces ma ^ 2 es un escalar. El vector F no puede ser igual a un escalar.
Y, ahora que lo pienso más, la energía no es una cantidad terriblemente bien definida. Parece que simplemente definimos cada forma de energía para que funcione la conservación de energía.