Si obtuve la nueva Nintendo 3DS, ¿hay alguna forma de que pueda ejecutar roms de emulador desde el disco duro?

Depende de qué tipo de ROM estás hablando. Si está hablando de e-shop, podrá ejecutarlos sin lugar a dudas. Tendrá que transferir todos sus archivos antiguos a través del propio proceso de Nintendo para poder usar sus compras anteriores.

Si habla de ROM caseras, es posible que no pueda utilizar el nuevo hardware. Los carros de juegos de terceros, como la puerta de enlace, pueden no funcionar, y el ninjahax de smea solo funciona con un juego y desde entonces se ha eliminado de la tienda electrónica, por lo que necesitará la copia física.

De cualquier manera, buena suerte. Para obtener la mejor compatibilidad y soporte, use la tienda electrónica de Nintendo y compre sus juegos. El uso de un flashcart para evitar la protección del sistema puede hacer que su consola sea bloqueada o algo peor.

Editar: si esta respuesta parece floja, es porque lo es. La mayoría de los exploits solo funcionan en una determinada versión del sistema, y ​​el nuevo 3DS está en la última versión. Prefiero decir definitivamente ‘no’ que confiar en otro exploit que se encuentra y parchear en la puerta de enlace, u otro exploit de software.

ACTUALIZACIÓN: Gateway v3.1 Ultra Beta – Nuevo soporte 3DS

Parece que la puerta de enlace admite el nuevo 3DS de una manera limitada. Por lo tanto, la respuesta no cambia necesariamente, pero ahora puede obtener un sí definitivo de que la puerta de enlace puede admitir el 3DS para ejecutar homebrew y otras ROM.

También realicé un corrector ortográfico. Mi inglés es atroz a las horas que busco en Internet.

Nunca lo intenté, pero SI puede hacerlo en el 3DS normal, lo más probable es que pueda hacerlo en el Nuevo 3DS.
Como nota al margen, hay bastantes juegos de GBC para la consola virtual en la tienda electrónica.
EDITAR:
Recomiendo revisar páginas más dedicadas como GBATemp.