Depende de su caso de uso y su nivel de comodidad. Ambos son igualmente buenos para las tareas de minería de datos. Aunque he trabajado principalmente en R, y no puedo encontrar ningún algoritmo importante que no esté disponible en R. Lo mismo es cierto para Matlab también.
Los puntos mencionados a continuación no son para concluir que uno es mejor que otro. En cambio, solo enumeran las características disponibles en R y (o) Matlab.
1. Si solo tiene que simular el proceso de investigación académica, ambos funcionan igualmente bien.
2. Sin embargo, si tiene que crear algún producto a nivel empresarial o en un entorno de producción, según R, será mejor, ya que R tiene buenas bibliotecas de integración como ‘rJava’ y ‘Rserve’ para la integración con lenguajes de alto nivel como Java.
3. Actualmente, la minería de datos en Big Data es un dominio importante. En tal escenario, R es mejor ya que tiene buenas bibliotecas de integración como RHadoop para integrar R con marcos de Big Data como Hadoop. R también tenía integración con el marco de Spark (otro marco de Big Data).
4. R implica un poco más de codificación (no muy significativo) en comparación con Matlab.
Espero que esto sea de ayuda.
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