Hago mucho de ese tipo de cosas usando PowerPoint y Adobe Presenter, que es un complemento para PowerPoint que le brinda una gran cantidad de cosas que puede hacer con una presentación, incluyendo específicamente agregar una pista de audio. Luego escuchas la pista de audio y haces clic para activar animaciones o cambios similares, guardar el archivo y listo. Todo sincronizado. Puede exportar a una película basada en Flash o incluso a un pdf que se puede reproducir con Adobe Acrobat Reader (creo que requiere la Versión 9 en adelante, ya que llama a Flash en segundo plano). Y hay toneladas de herramientas para convertir videos Flash en archivos MP4 y similares. O Quicktime.
Estoy seguro de que existen herramientas gratuitas o más asequibles que hacen lo mismo. En principio, puede usar cualquier herramienta de edición de video (como iMovie) para hacer lo mismo. Solo necesita cargar cada diapositiva como una imagen fija y sincronizarla con la pista de audio. Supongo que perderá las animaciones de diapositivas, pero si no depende tanto de ellas, esa también podría ser una opción para usted.