Matemáticas, posiblemente incluso una línea de base verdadera / falsa (creo que esto se hizo en al menos una película que involucra a extraterrestres). La idea detrás de esto es que una especie inteligente (de todos modos, de inteligencia humana o superior) reconocerá el concepto de algo verdadero o falso, que podría representarse en matemáticas como un 1 o un 0 (o dos otros números si dichos extraterrestres no no tiene un 0).
Otra forma sería la más natural: simplemente identificar cosas y asignarles nombres. Recoge una manzana y llámalo algo simple. No diría necesariamente manzana, sino tal vez comida, y la comería para demostrar que es comida. Con los extraterrestres esto se vuelve más difícil porque no necesariamente tienen tanto en común con nosotros, por lo que comer una manzana no significa necesariamente comida para ellos. Pero algo en este sentido probablemente funcionaría.