Lo primero que debe intentar es usar un sistema de archivos decente. Supongo que estás usando Windows (de lo contrario, probablemente ni siquiera tengas un problema). En Win definitivamente formatee su disco para usar NTFS y no FAT: es mucho mejor para prevenir la fragmentación en todo el programa.
En segundo lugar, la fragmentación no siempre es mala. Especialmente la fragmentación de espacio libre en realidad podría mejorar el rendimiento y prevenir la futura fragmentación de datos. Esto se debe a que permite que los archivos crezcan sin fragmentarse de inmediato. Por lo tanto, la desfragmentación para colocar cada archivo en un bulto contiguo al comienzo del disco significa que está obligando al FS a fragmentar todos y cada uno de esos archivos en la próxima edición.
Desafortunadamente, en Windows estándar no hay mucho que puedas hacer para mantener tus discos organizados de tal manera que los archivos no se fragmenten fácilmente. NTFS intenta evitar la fragmentación precisamente por la idea anterior: cuando se guarda un nuevo archivo, no se coloca simplemente en el primer lugar vacío encontrado y especialmente no en un lugar que “simplemente” se ajusta. Por lo tanto, permite un poco de espacio para el crecimiento. La principal diferencia entre NTFS y algunos otros FS, como EXT4 de Linux, está en lo que sucede después de eso, por ejemplo, EXT4 incluso movería un archivo una vez que haya crecido más allá del espacio libre que lo rodea, NTFS rara vez lo hace. Para leer un poco: HTG explica: por qué Linux no necesita desfragmentar
Según mi propia experiencia, muchas herramientas de terceros intentan “prevenir” la fragmentación, pero pocas de ellas son buenas en absoluto. Una buena regla general es que si una herramienta simplemente desfragmenta periódicamente es probablemente inútil, y si simplemente organiza todos los archivos uno al lado del otro, en realidad es peor que nada.
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Personalmente voy con una de dos “soluciones” a esto (en algunos casos, ambas):
- Use un SSD en lugar de un HDD para datos (especialmente datos que cambian constantemente). Luego, NUNCA desfragmente ese disco, es un ejercicio inútil ya que no hace nada para mejorar las velocidades de acceso (tanto lectura / escritura).
- Use una tienda separada, algo así como un NAS (almacenamiento conectado a la red), es decir, un “servidor” que comparte algunos discos. Eso debería configurarse con un sistema operativo que utiliza un FS menos propenso a fragmentos. Por ejemplo, usa algo como FreeNAS y haz que formatee los discos con ZFS (aunque ten en cuenta que si utilizas ZFS, DEBES UTILIZAR chips de RAM ECC; de lo contrario, verás corrupción en tus discos). O incluso cualquier Linux y formato como EXT4 estándar, incluso podría combinar discos en un RAID-0 “virtual” usando algo como uno de los muchos sistemas UnionFS disponibles, de lo contrario, usando BTRFS para obtener algo similar al BSD en ZFS de FreeNAS.